本課程目標為拓展學生對於「第三方微生物、微生物群、以及其他環境中的生物」在植物與病原微生物交互作用之認識。本課程延續「植物病理學」之植物病害三角觀念，於前半學期課程中介紹三方交互作用，著重在單一微生物或媒介昆蟲在植物與微生物之交互作用中扮演的角色；並於後半學期延伸至根系或葉部微生物群對於植物健康或病害發生之影響與病害防治之應用。本課程將以文獻案例講授與討論之方式進行，並由學生報告文獻與撰寫回顧專題之方式評分。